一切準(zhǔn)備就緒后，公元前218年，始皇命趙佗和屠雎率領(lǐng)五十萬秦軍撲向百越。

對于此次戰(zhàn)爭，各類史書的記載都語焉不詳，《淮南子》的記載如下。

“使尉屠睢發(fā)卒五十萬為五軍：一軍塞鐔城之嶺，一軍守九嶷之塞，一軍處番禺之都，一軍守南野之界，一軍結(jié)余干之水。三年不解甲弛弩，使監(jiān)祿無以轉(zhuǎn)餉，又以卒鑿渠而通糧道，以與越人戰(zhàn)。殺西嘔君譯吁宋，而越人皆入?yún)脖≈校c禽獸處，莫肯為秦虜。相置桀駿以為將，而夜攻秦人，大破之，殺尉屠睢，伏尸流血數(shù)十萬，乃發(fā)適戍以備之?！?/p>

根據(jù)這段話的記載，當(dāng)時的五十萬秦軍是兵分五路，向三個方向出擊的，五支部隊的戰(zhàn)況，可用“三長兩短”來形容。

先說“三長”。秦軍中路由今湖南南部出發(fā)，順北江一路南下，順利攻占了今廣州一帶，并在那里駐軍防守。東路兩支軍隊的目標(biāo)是今浙江南部和福建一帶，這一地區(qū)地勢較為平坦，越人沒有什么防守的依托，秦軍卻補給便利。當(dāng)時該地區(qū)不像現(xiàn)在這么富庶，戰(zhàn)國時代那里還是未開發(fā)的蠻荒之地，技術(shù)落后，糧食產(chǎn)量也很少。那里的兵力薄弱，裝備落后，秦軍沒有遇到多大抵抗，就順利平定了那里，并在那里設(shè)置閩中郡，派兵駐守。

西路兩支秦軍的目標(biāo)是今廣西和越南北部，與另外兩路秦軍相比，西路秦軍的遭遇十分悲慘。在屠雎等人的率領(lǐng)下，秦軍一路猛攻猛打，燒殺搶掠，并不懂得安民。這一錯誤的做法激起了越人極大的反抗，當(dāng)秦軍深入越地后，補給也變得越來越越困難，天氣也變得越來越熱。越人深入?yún)擦种信c秦軍周旋。不久，越人利用對地形的熟悉，趁秦軍不備，夜襲秦軍大營，秦軍死傷極其慘重，主將屠雎也被殺死。秦軍只得停止了對這一地區(qū)甌越人的攻擊。

主帥的被殺和將士的大量傷亡，使南征的兩路秦軍受到了重創(chuàng)，占據(jù)桂林、象郡等地的秦軍不得不日夜守在城墻上，防止越人偷襲。在后勤補給困難的情況下，秦軍不得不由戰(zhàn)略進攻轉(zhuǎn)為戰(zhàn)略防御，以保存實力，擇機再戰(zhàn)。

這一守就是三年，始皇用這三年時間，又做了一件澤被后世的大事——開鑿靈渠。

當(dāng)始皇得知秦軍受挫的消息后，立即意識到了補給對于秦軍的重要意義。為了解決秦軍的后勤問題，始皇下令由一個監(jiān)御史負責(zé)此事，史書上沒有留下此人的姓氏，只知道名字叫“祿”，后人因其官職是監(jiān)御史，就稱其為史祿。

史祿組織了十萬軍民開鑿靈渠，與阿房宮、長城等工程相比，靈渠算不上大工程，但他的設(shè)計和構(gòu)思卻是非常巧妙的。

靈渠溝通的湘水和漓水，都發(fā)源于興安縣，距離約有三十多公里。史祿就是利用這一點，開鑿了連通兩條河流的運河。他運用兩河之間的地勢落差，將湘水導(dǎo)入漓水，使原本屬于長江水系的湘水與原本屬于珠江水系的漓水連接了起來，溝通了兩大流域，便利了兩大流域間的交流。

靈渠最精巧的設(shè)計在于，它是世界上第一條船閘式人工航道運河。為了保證船只的安全航行，他在運河上設(shè)置了三十六個水閘攔水，以提高水位，即使載重萬斤的大船也可以順利通過。這是世界航運史上的創(chuàng)舉，代表著當(dāng)時世界上的最高水平。

靈渠開鑿成功后，大量的軍需補給源源不斷地運往嶺南。于是，始皇決定再次對甌越開戰(zhàn)。公元前214年，始皇任命任囂和趙佗兩位將軍為主帥，再次發(fā)動了對甌越的進攻。

任囂和趙佗吸取屠睢的教訓(xùn)，每前進一步都注意保境安民。為了配合秦軍的行動，始皇“發(fā)諸嘗逋亡人、贅婿、賈人”前往甌越地區(qū)。秦軍每占領(lǐng)一個地區(qū)，就將發(fā)來的民眾安置一部分，這就保證了秦軍有穩(wěn)定的后方。大批“賈人”的到來，有利于加強秦人和越人的經(jīng)濟往來，既有利于社會穩(wěn)定，也能為秦軍的糧餉供應(yīng)創(chuàng)造更加便利的條件。

沒有了后勤補給的制約，加之兩位將領(lǐng)吸取了以往的教訓(xùn)，秦軍勢如破竹，很快就擊潰了甌越的反抗力量，其首領(lǐng)在戰(zhàn)斗中被殺死，秦軍順利占領(lǐng)了廣西地區(qū)。隨后任囂、趙佗乘勝繼續(xù)向南進擊，擊潰了那里的雒越，占領(lǐng)了今越南北部地區(qū)。至此，秦軍徹底征服了嶺南地區(qū)的越族，始皇很快就在那里設(shè)立了桂林、南海、象郡，把嶺南正式納入秦王朝的版圖。

秦軍南平百越，對中國歷史產(chǎn)生了極為深遠的影響。

首先，奠定了中國疆域的基礎(chǔ)。在秦統(tǒng)一之前，百越雖然與中原王朝有有接觸，但從來未曾有過相互間的行政統(tǒng)屬。秦軍占領(lǐng)這一地區(qū)后，始皇在這里設(shè)立了三郡，納入秦王朝的行政管轄之下。此后的歷代中央政府，都把這里視為中華版圖不可分割的一部分，一旦有叛亂發(fā)生，立即出兵平叛，維護國家統(tǒng)一。所以說，正是這次征服，奠定了中國版圖的南部疆界，為歷代王朝樹立了疆域標(biāo)桿。

其次，大大促進了嶺南地區(qū)的發(fā)展。秦軍到達嶺南之前，這里還是處于原始社會或奴隸社會的狀態(tài)，秦軍平百越后，在這里設(shè)立了郡縣，大大促進了這里的社會發(fā)展進程。隨秦軍進入嶺南的大批商人，將嶺南的特產(chǎn)販賣到中原，又將中原的先進生產(chǎn)工具和技術(shù)帶到嶺南，他們架起了中原和嶺南經(jīng)濟交往的橋梁，提升了這里的經(jīng)濟水平和生產(chǎn)能力。后來，始皇再次向嶺南移民，“謫治獄吏不直者，筑長城及南越地”。這次遷到嶺南的多是被貶的官員，他們本身有著較高的文化和法律素養(yǎng)，這在很大程度上提高了那里的行政水準(zhǔn)。除了這兩次移民外，始皇還進行過一次大規(guī)模的婦女移民。當(dāng)時，征伐百越的士兵大多就地安置，在那里成家立業(yè)，相對于秦軍的數(shù)量來說，當(dāng)?shù)氐膵D女?dāng)?shù)量有限。因此趙佗向始皇上書要求遷移三萬名婦女，以解決秦軍士卒的配偶問題。后來始皇答應(yīng)調(diào)集一萬五千名婦女，這批人不久之后就到達了嶺南。

經(jīng)過前后三次大規(guī)模的移民，大批的商人、農(nóng)民、手工業(yè)者和官吏定居在嶺南地區(qū)，再加上五十多萬秦軍，整個嶺南地區(qū)的秦人數(shù)量約有百萬之多，他們帶去了先進的經(jīng)營方式、生產(chǎn)技術(shù)和管理方法，大大促進了嶺南地區(qū)的社會經(jīng)濟發(fā)展。

再次，大大加速了民族融合的進程。上文說到，幾次遷徙之后，約有百萬秦人進入了嶺南與當(dāng)?shù)氐脑饺穗s居共處，這其中的大多數(shù)都是未婚男子。他們安置下來后，就在當(dāng)?shù)厝⑵奚?，通婚后的各族，心理、文化、?xí)俗上的隔閡都大大減小，這就大大加快了民族融合的進程。到東漢時期，當(dāng)?shù)氐脑阶宕蠖嘁讶谌霛h族，成為中華民族血液中不可分割的組成部分。

總之，南平百越是始皇統(tǒng)一大業(yè)的重要組成部分，對中國歷史產(chǎn)生了積極而深遠的影響。嶺南從此之后正式納入了中國的版圖，越族也正式成為中華民族大家庭的一員。這次征服對促進漢越民族的融合、促進嶺南社會經(jīng)濟和文化的發(fā)展起到了極大的推動作用，也從地域、文化等方面奠定了中國統(tǒng)一的多民族國家的基本格局。